La afición por el balompié en la ciudad de Algeciras llegó a finales del siglo XIX desde la colonia británica de Gibraltar. Es contra los equipos de esta ciudad y los de las vecinas del Campo de Gibraltar contra quienes se llevan a cabo las primeras competiciones locales.
En sus primeros años los equipos de la ciudad jugaban en varios campos de arena de los alrededores de la ciudad; uno de estos campos provisionales se situaba en la zona de la ciudad denominada El Calvario, cerca del recinto ferial de la ciudad; será este campo el primero en el que jugará sus partidos el Algeciras Club de Fútbol.
El equipo nació oficialmente en 1912 con una plantilla formada por Ricardo Torres, Márquez, Bourman, Casero, Aguilera, Beneroso, Arrabal, Illescas, Imossi, Julio Saénz, Camuesco, Butrón, Coca, Marset, Rivas, Calderón, Beli, Maciste y Díaz; jugando su primer partido frente al Alexandra de Gibraltar quedando empate a cero.
Durante sus primeras tres décadas de existencia el equipo milita en categorías regionales andaluzas. Tras el parón ocasionado por la guerra civil, cuando dejan de disputarse partidos de fútbol, el equipo volverá en 1940 a competición regional para jugar en Tercera división a partir de 1943.
En la temporada 1956-57 el equipo se fusionó con el España de Tánger pasando a denominarse España de Algeciras aunque en la temporada siguiente vuelve a llamarse Algeciras Club de Fútbol.
El 16 de septiembre de 1954 se inauguró el estadio de El Mirador con un partido entre la Selección andaluza de fútbol y el Athletic de Bilbao con resultado de 1 a 5 para los bilbaínos; de este modo el equipo dispuso de unas instalaciones más modernas y abandonó el antiguo estadio de El Calvario amenazado por el crecimiento de la ciudad.
La recuperación de categoría se realizará de forma gradual los años siguientes; así en la temporada 1974-75 se asciende a la Tercera División, en la 1976-77 a Segunda División B y en la 1977-78 se asciende de nuevo a Segunda División tras ganar en El Mirador la liguilla de ascenso frente al Girona Fútbol Club. Perderá esta categoría en la temporada 1979-80 para recuperarla en la 1983-84 tras haber jugado la liguilla de ascenso junto al Granada Club de Fútbol, Albacete Balompié y Calvo Sotelo Club de Fútbol.En la temporada 1963-64 el equipo asciende por primera vez a Segunda División española tras jugar en Valencia contra el Atlético Baleares.
Ese mismo año debuta en el club el jugador Juan López Hita que cuatro años más tarde recalará en el Sevilla F.C. y llegará a disputar varios partidos con la Selección española de fútbol. Permanecerá en esta categoría durante cuatro años hasta que en la temporada 1966-67 desciende a Tercera y tres años después de nuevo a Regional.
El equipo desciende la temporada siguiente y comienza una época de dificultades económicas y deportivas que culminan con el descenso sólo tres años después, en 1986, a Regional andaluza por impagos a la Federación Española de Fútbol.
Tras esto se suceden varios años en los que el club milita entre la Tercera División y la Segunda División B hasta la temporada 2002-2003 cuando el equipo asciende a la Segunda División española por cuarta vez en su historia al ganar su partido frente al Bilbao Athletic. Esa temporada 2002-2003, el Club se proclamó campeón del Grupo IV de Segunda “B”, y tras disputar una liguilla de ascenso impecable, logró el ansiado ascenso a 2ªA.
Unos años antes, en 1999, se había inaugurado el Estadio Nuevo Mirador con un partido entre el equipo local y el Real Betis ganando éste el encuentro por un gol a cero. Este nuevo estadio con capacidad para 7.500 espectadores había nacido con el objeto de ser el escenario de una nueva época para el Club, por desgracia el equipo comienza a pasar una serie de penurias de índole económica que acaban reflejándose en lo deportivo.
En la temporada 2004-2005 se desciende a Segunda División B, en la 2005-2006 a la Tercera y tras una temporada de impago al cuerpo técnico y plantilla, el equipo es descendido de nuevo a la Primera División Regional Andaluza por ser incapaz de hacer frente a las deudas contraídas con la plantilla en la temporada 2007-08.
En los últimos años el club ha vuelto a resurgir y tras conseguir el ascenso inmediato a la Tercera División una temporada después de bajar por impagos a la 1ª División Regional Andaluza, vuelve a conseguir tras varias temporadas sin éxito en tercera división el ascenso a la categoría de bronce, sería en la temporada 2012-13 en una eliminatoria frente al CD Tropezón, equipo cántabro. En la ida el equipo fue derrotado por 1-0, pero una semana después y con un Nuevo Mirador repleto hasta la bandera se volvió a ascender tras derrotar por 4-0 al equipo cántabro.
No sin antes haber cumplido los cien años de historia del club, un centenario celebrado por todo lo alto como bien merecía esta entidad, fue entonces en la temporada 2011-12 cuando decenas de actos organizados por la Comisión del Centenario y el club hicieron brillar los 100 gloriosos años de nuestra entidad, siendo muchos los clubes que se unieron de una manera u otra a nuestro primer centenario, algunos incluso rindieron visita al Nuevo Mirador, como hizo el Sevilla FC con todas sus estrellas para disputar el nombrado “Partido del Centenario”, o el Real Betis Balompié que varios meses después haría lo propio visitando el coliseo algecirista. El Málaga no quiso ser menos y en Julio de 2013 también pasó por Algeciras en un partido que conmemoró de igual manera los cien primeros años de nuestro club.